Chính quyền mới của quân cách mạng được thành lập, Che là một trong bộ ba lãnh đạo gồm (Che, Fidel Castro và Raul Castro) của đất nước này. Sau những đóng góp của mình cho đảo quốc này, Che được trao quyền công dân Cuba. Ngày 8 tháng 10 năm 1959 Che được bổ nhiệm giữ chức Trưởng ban Nông nghiệp của Viện Cải cách ruộng đất quốc gia. Với cương vị này, Che đã ra quyết định tịch thu toàn bộ ruộng đất tư hữu. Ngày 26 tháng 11 được bổ nhiệm giữ chức Chủ tịch Ngân hàng quốc gia.

Tuy nhiên, có vẻ đây không phải là một vị trí thích hợp với ông, bởi Che rất coi thường đồng tiền, và ông thể hiện điều này bằng cách ký trên các tờ tiền mới chỉ với bí danh của mình.

Tháng 4 năm 1960 Che kiêm nhiệm thêm chức chỉ huy Ban huấn luyện lực lượng vũ trang cách mạng. Tháng 2 năm 1961 được bầu làm Bộ trưởng Bộ Công nghiệp, Che đã ra quyết định đặt hàng trăm công ty quốc doanh dưới quyền kiểm soát của Trung ương. Với nhiệm vụ này, ông thường xuyên đi khắp thế giới trên cương vị là một đại diện của Cuba.

Thời gian này xảy ra nhiều sự kiện ảnh hưởng tới Cuba như sự kiện Vịnh Con Lợn, Hoa Kỳ cấm vận, khủng hoảng tên lửa, khủng hoảng ngoại giao... Qua cuộc khủng hoảng tên lửa Guevara càng tin tưởng là hai siêu cường thế giới (Hoa Kỳ và Liên Xô) đã coi Cuba như là nơi mặc cả trong chiến lược toàn cầu của họ, ông tin rằng hành động xuống thang của Liên Xô cho thấy nước này không sẵn lòng mạo hiểm để trợ giúp cho cách mạng các nước Mỹ Latinh. Sau đó ông lên án Liên Xô hầu như thường trực như ông đã làm đối với Hoa Kỳ.[4] Bài diễn văn phát biểu của ông tại Algeria ngày 25 tháng 2 năm 1965 chỉ trích Liên Xô đã không giúp đỡ đủ tích cực cho cuộc đấu tranh giải phóng nhân dân bị áp bức trên thế giới.